Kisah diawali dengan kilas balik ke masa lalu di Kerajaan Edenia yang damai. Kaisar Outworld yang kejam dan ambisius, Shao Kahn, merebut kerajaan tersebut setelah memenangkan turnamen. Ia membunuh sang raja, sementara Putri Kitana muda dipaksa tumbuh di bawah asuhannya untuk menjadi bagian dari pasukannya. Kembali ke masa kini, Outworld telah memenangkan sembilan turnamen berturut-turut melawan Earthrealm. Jika Outworld menang satu kali lagi, mereka akan menguasai alam semesta selamanya. Demi menghentikan kiamat ini, Dewa Petir Raiden dan Sonya Blade merekrut Johnny Cage, seorang mantan juara karate yang kini menjadi aktor laga paruh baya. Bersama para petarung andalan Earthrealm dari film pertama, Johnny Cage harus bertarung dalam turnamen antardimensi yang brutal demi menumbangkan dominasi berdarah Shao Kahn.